戰國亂世,貧民出身的少年亂太郎為成為出色忍者,考入一流忍術學園就讀一年葉組,結識了貪吃嗜睡的伙伴新兵衛、身兼數職的孤兒霧丸等一眾好友,校園日常熱鬧搞笑。暑假期間,四年葉組的齊藤鷹丸父子遭刺客襲擊,忍術學園與稗田八方齋率領的毒竹忍者隊就此展開大對抗,一場關乎生死存亡的忍者較量驟然拉開序幕。