強(qiáng)納森是一名棄嬰，剛出生就被放置在孤兒院前，幸好一名船長(zhǎng)認(rèn)養(yǎng)了他，并供給他念寄宿學(xué)校。只是聰明但又調(diào)皮的強(qiáng)納森連續(xù)被五個(gè)學(xué)校退學(xué)，養(yǎng)父最后幫他找到一所「圣湯瑪士合唱寄宿學(xué)?！?。 強(qiáng)納森在機(jī)場(chǎng)見一只狗被主人遺棄，便將牠帶往學(xué)校，但因?qū)W校禁止養(yǎng)狗，在室友的建議下將小狗養(yǎng)在他們的秘密基地──一座以拖車蓋成的屋子。沒(méi)想到此時(shí)來(lái)了一名自稱是巴布的人，謂此處是他的產(chǎn)業(yè)。眾人無(wú)奈離去，但巴布似乎認(rèn)得學(xué)校教音樂(lè)的波克老師，遂答應(yīng)照顧小狗，而且也歡迎眾人到「秘密基地」玩。 由于寄宿學(xué)生與當(dāng)?shù)氐膶W(xué)生常發(fā)生摩擦，在舉行圣誕音樂(lè)合唱之前，保管樂(lè)譜的塞巴修被當(dāng)?shù)貙W(xué)生關(guān)到一間地下室并放火燒了樂(lè)譜。馬丁、尤里、馬斯及強(qiáng)納森立刻呼朋引伴前去救人，雙方約定挑一人單打，結(jié)果馬斯勝了，但對(duì)方仍不放人，雙方展開一場(chǎng)雪球大戰(zhàn)。強(qiáng)納森利用雙方混戰(zhàn)之際救出了塞巴斯，眾人急急趕到教堂時(shí)，正好趕上了大合唱。 波克本來(lái)很生氣，但在聽了強(qiáng)納森的敘述后反而說(shuō)了一段往事。謂學(xué)校以前有兩位要好的同學(xué)，叫羅勃的因母親重病而荒廢了練唱，遂被學(xué)校罰勞役，卻由另一位同學(xué)代勞，沒(méi)想到后來(lái)羅勃偷跑至西德探望父親，害得另一位被退學(xué)，而此人正是波克。 波克答應(yīng)盡量不讓強(qiáng)納森退學(xué)，也希望同學(xué)們能自行排練一出戲以便在圣誕節(jié)前夕演出。強(qiáng)納森在拖車內(nèi)找到一些繞舌歌詞，于是決定以詞曲上的名字「飛行教室」作為主題訴求，但沒(méi)想到波克聽到后竟憤怒地禁止他們演出。強(qiáng)納森激動(dòng)得踢翻舞臺(tái)上的道具，結(jié)果引起一場(chǎng)火災(zāi)，幸好不是很嚴(yán)重。當(dāng)強(qiáng)納森道出眾人心聲時(shí)，波克也說(shuō)出他與羅勃的過(guò)去往事，只是現(xiàn)在不知羅勃身在何處。眾人已知羅勃即是巴布，遂帶波克前去見羅勃，兩名重逢的老友緊緊相互擁抱。 眾人知波克可能會(huì)被解雇，于是利用合唱之后演出了舞臺(tái)歌舞劇，不但感動(dòng)了校長(zhǎng)，而學(xué)醫(yī)的羅勃也答應(yīng)留在學(xué)校擔(dān)任校醫(yī)。