本片故事取材于真實事件。1937年12月13日，侵華日軍攻占南京城，進行了慘無人道的大屠殺。為了保護難民和中國軍人的生命安全，以寂然法師為首的棲霞寺僧人自發組織起來，創辦佛教難民收容所，先后援助和安置難民24000多人。在與日軍的抗爭中，許多僧人慘死在日軍的槍口下。寂然法師等人不畏犧牲，一邊援助傷病難民，一邊設法保護抗日軍人，掩護他們安全過江，又冒著生命危險把記錄著日軍南京大屠殺罪證的膠片送出南京。在與日軍抗爭的過程中，手無寸鐵的中國僧人們面對死亡，毫不畏懼，以普渡眾生，慈悲為懷的佛教教義為武器，展開面對面的斗爭，書寫公開信，揭露日軍暴行，與兇殘的日軍進行了一場人性與獸性的較量。最終正義戰勝邪惡，保全了千年古寺，保護了24000多難民的安全，全片弘揚了偉大的人道主義和愛國主義精神，弘揚佛教僧人高尚的愛國情操，展現一段鮮為人知的故事。